Tutti i titolari di partita IVA, sono obbligati alla fatturazione elettronica. Nello specifico gli Enti non commerciali - incluse le associazioni in regime 398/91, gli enti del terzo settore, ecc. - che svolgono abitualmente anche attività di impresa, sono assoggettati all'obbligo di emissione, ricezione, conservazione delle fatture in formato elettronico.
All'entrata in vigore di tale disposizione normativa (2019) erano stati esonerati da tale obbligo gli enti con proventi inferiori ai 65.000,00 euro. Dal 1° gennaio 2024 la fatturazione elettronica è diventata obbligatoria per tutti i titolari di partita Iva a prescindere dal volume d’affari.
Gli Enti non commerciali che svolgono unicamente attività istituzionale non sono tenuti ad aprire partita IVA e operano solo con il codice fiscale: questi Enti ad oggi non sono operatori IVA e non sono considerabili soggetti che emettono fattura, pertanto sono esonerati dall'obbligo di emettere fatture elettroniche. Tuttavia sono Enti destinatari di fatture elettroniche, emesse dai loro fornitori assoggetti a tale obbligo. Al verificarsi di questa possibilità il fornitore è obbligato a consegnare direttamente all'Ente una copia in formato analogico o informatico della fattura, con la precisazione che il documento elettronico è disponibile all'interno del SDI (sistema di interscambio dell'Agenzia delle Entrate), nell'area riservata.
E' stato prorogato a tutto il 2025 il divieto di fatturazione elettronica per gli operatori sanitari.